Nasce il 5 febbraio 1947 a Parigi, in Francia. Jacquot ha iniziato la sua carriera come assistente alla regia dei film di Marguerite Duras, tra cui Nathalie Granger, India Song, e anche attore nel cortometraggio del 1973 La Sœur du cadre. Ha iniziato a scrivere e dirigere con il film del 1975 L’assassin musicien (Il musicista assassino), con Anna Karina. Ha diretto oltre quaranta film, i più importanti dei quali per il pubblico internazionale sono La Désenchantée (La disincantata)(1990), con Judith Godrèche e La fille seule (La nubile) (1995), con Virginie Ledoyen. Nel 2003 ha diretto l’opera Werther di Massenet condotta da Antonio Pappano al Royal Opera House, Covent Garden. Il suo film Les adieux a la reine (Gli addii alla regina) ha aperto il 62 ° Festival Internazionale del Cinema di Berlino nel febbraio 2012. Il suo film del 2014 Tre cuori ha gareggiato per il Leone d'oro al 71 ° Festival Internazionale del Cinema di Venezia. Il suo ultimo film e’ Dernier amour (L’ultimo amore) ispirato a Casanova, uscito in Francia nel 2019.