Jerzy Skolimowski è nato in Polonia, a Łódź, nel 1938.
Il padre, membro della resistenza, fu ucciso nel 1943. Il regista trascorre la sua infanzia e adolescenza tra Varsavia e Praga ed ha tra i suoi amici Miloš Forman, Ivan Passer e Václav Havel. Finiti gli studi universitari, Jerzy si dedica alla boxe a livello dilettantistico e alla letteratura pubblicando le sue prime opere.
Nel 1960 Andrzej Wajda lo coinvolge nella realizzazione della sceneggiatura di Niewinni czarodzieje (Ingenui perversi) e gli affida il ruolo di un giovane pugile. Sempre nel 1960 Jerzy si iscrive alla scuola di cinema di Łódź e insieme a Roman Polański stende la sceneggiatura di Nóz w Wodzie (Il coltello nell’acqua).
I suoi primi cortometraggi sono basati sulla satira politica, e mostrano già una notevole capacità di montaggio e una efficace fotografia. A Rysopis (Rysopis – Segni particolari nessuno, 1964), Walkower (Walkover, 1965), Bariera (Barriera, 1966), Le départ (Il vergine, 1967) e Rece do góry (Mani in alto!, 1967): tutte opere sulla società polacca, le sue trasformazioni, le tensioni sociali, gli ideali socialisti, le aspettative deluse. Il vergine, girato in Belgio, conquista l’Orso d’Oro a Berlino. Il film successivo Mani in alto! spingerà Jerzy all'esilio in quanto le autorità polacche ne impediscono l'uscita per anni.
Nel 1972 realizza in Germania due film, Deep End (La ragazza del bagno pubblico) e König, Dame, Bube (Un ospite gradito… per mia moglie). Nel 1978 realizza The Shout (L’australiano) e, poi, nel 1982 Moonlighting (Moonlighting – Cittadini di nessuno), il suo film più autobiografico sulla condizione di emigrato. Del 1985 è The Lightship (La nave faro), con Klaus Maria Brandauer e Robert Duvall; il film conquista il premio speciale della giuria al Festival di Venezia.
Nel 1989 Skolimowski è in concorso a Cannes con Torrents of Spring (Acque di primavera), dal romanzo di I.S. Turgeven, con Nastassja Kinski e Timothy Hutton. Dopo 17 anni di inattività e 27 anni di esilio, il regista torna in Polonia per dirigere Cztery noce z Anna (Quattro notti con Anna, 2008), mentre con Essential Killing (2010) è di nuovo in concorso a Venezia: il film riceve il Leone d’Argento – Gran premio della giuria e la Coppa Volpi per la migliore interpretazione maschile di Vincent Gallo. Il suo ultimo lavoro è del 2015, 11 minuti (11 Minutes), ed è un film senza un attimo di respiro, un vero e proprio affresco cinematografico.